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病毒溯源難度大 要科學(xué)舉證 找病原體需滿足科赫法則
時間:2020-04-14 09:43:24

新冠病毒在全球蔓延。每個人都想知道,這種病毒究竟從何而來?找到致病病毒源頭的工作,就是所謂的“病毒溯源”。

“這并不僅僅是為了滿足好奇心,更重要的是,其對傳染病防治意義重大。找到病毒源頭,理解病原是如何發(fā)展成為對人類致病的病毒,才能回答病毒會不會反復(fù)出現(xiàn),也就是大家關(guān)心的是否會卷土重來的問題。”中國科學(xué)院院士、中科院上海生命科學(xué)研究院趙國屏研究員在接受科技日報記者采訪時說。

然而,盡管全球科學(xué)家都在苦苦探尋,目前看來,新冠病毒的起源依然撲朔迷離。“事實上,不只是新冠病毒,人類歷史上很多疾病,如艾滋病、SARS等,對其源頭的探索,雖然有了很大進展,但至今還在繼續(xù)。病毒溯源本身就是個科學(xué)難題,很復(fù)雜,需要較長時間,而且存在不確定性。”趙國屏說。

溯源基于科學(xué)舉證 找病原體需滿足科赫法則

“對于未知病原病毒溯源,至少要分兩步走:第一步先找到致病的病原體;第二步確定到底是哪種動物被最先感染(或者就是天然攜帶者),即病毒的天然宿主,在這一步上,還需要探尋病毒從天然宿主到感染人,再在人際傳播的過程及其機制。”趙國屏說。

趙國屏表示,病毒溯源需要證據(jù),是科學(xué)舉證的過程。其證據(jù)主要有兩大類,一類是生物學(xué)證據(jù),包括病因?qū)W、臨床醫(yī)學(xué)和流行病學(xué)等證據(jù),其優(yōu)點是“真實世界”的顯像,但也存在獲取過程中可能有人為因素干擾,以及實驗過程困難等問題;另一類是分子生物學(xué)證據(jù),包括基因組測序、抗體檢測等,它的優(yōu)勢是“確切”,但要與生物學(xué)證據(jù)建立聯(lián)系,不那么容易。

以找病原體來說,需要滿足科赫法則。中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所武桂珍研究員介紹,科赫法則由德國細菌學(xué)家羅伯特·科赫提出,它是指確定一種病毒為致病的病原微生物需要4個標準:在每一病例中都出現(xiàn)相同的微生物,且在健康者體內(nèi)不存在;要從宿主分離出這樣的微生物并在培養(yǎng)基中得到純培養(yǎng);用這種微生物的純培養(yǎng)物接種健康而敏感的宿主,同樣的疾病會重復(fù)發(fā)生;從試驗發(fā)病的宿主中能再度分離培養(yǎng)出這種微生物來。

SARS暴發(fā)時,荷蘭鹿特丹伊拉斯姆斯大學(xué)的兩個團隊正是用這一法則確定了SARS-CoV是SARS的病原。他們用SARS-CoV感染食蟹獼猴,出現(xiàn)了與人感染SARS-CoV相類似的癥狀,從感染的猴子體內(nèi)分離到的病毒與當初接種時的病毒相同,感染的猴子體內(nèi)能夠檢測到SARS-CoV特異的血清轉(zhuǎn)化。

然而,武桂珍表示,找到病原體只是溯源的第一步。中華菊頭蝠到底是不是SARS的唯一自然宿主,它攜帶的病毒是如何變異成果子貍攜帶的病毒,還需進一步研究。

“完全按照科赫法則去尋找病原體需要較長時間,在當今時代需要用分子生物學(xué)手段,如血清轉(zhuǎn)化和基因測序,加快對疑似病原驗明正身:屬于什么物種,是否是一種未被認識的新物種等。從溯源的全過程看,最終要由生物學(xué)和分子生物學(xué)兩大技術(shù)所獲信息證據(jù),匯聚成鏈,相互印證,才算是真正完成了任務(wù)。”趙國屏補充說。

“零號病人”是溯源的關(guān)鍵 也是難點

“一般來講,病毒溯源有兩條路徑,一是流行病學(xué)調(diào)查,二是動物和環(huán)境中的病毒分布調(diào)查。” 南方醫(yī)科大學(xué)生物安全三級實驗室主任趙衛(wèi)說。

趙衛(wèi)表示,一般傳染病溯源的流行病學(xué)調(diào)查是從第一位被發(fā)現(xiàn)的患者的接觸史開始,即要找到“零號病人”,但這項尋找工作可謂難上加難。

以艾滋病為例,1980年10月到1981年5月,在美國洛杉磯有5位以往很健康的年輕人患上了卡氏肺孢子菌肺炎,這是一種非常罕見又嚴重的感染,通常只會出現(xiàn)在免疫功能嚴重低下者身上。5位年輕人病情迅速惡化,被報道時,已有2人死亡。這是最早發(fā)現(xiàn)的艾滋病病人,但當時即推測這種疾病已在世界上傳播了較長時間。

8年后即1988年的一項研究找到了更早的美國病人,研究人員檢測一名叫羅伯特·雷福德(Robert Rayford)的15歲青少年在1968年留下的組織樣本時,發(fā)現(xiàn)結(jié)果呈HIV陽性。之后又過去10年,1998年,科學(xué)家在剛果首都金沙薩找到了一份來自1959年的血液樣本,發(fā)現(xiàn)其中就含有HIV-1。這是目前能夠確切追溯到的最早的艾滋病“零號病人”了。但他真的是“零號”嗎,至今無法說清。

其次,動物和環(huán)境中的病毒分布調(diào)查是最直接、最重要的手段。趙衛(wèi)介紹,如科學(xué)家發(fā)現(xiàn)非洲喀麥隆南部靈長類動物身上帶有與HIV極為相像的病毒SIV,也即猴免疫缺陷病毒。所以,有科學(xué)家提出了“受傷獵人”理論,即一位受傷獵人接觸到靈長類身上的病毒,最先被感染。現(xiàn)代最兇險的傳染病之一埃博拉出血熱,目前大多數(shù)科學(xué)家認為其來源于果蝠,因為整個撒哈拉中部和南部非洲地區(qū)有不同種類的果蝠可以攜帶這種病毒。

近年來,生物信息學(xué)技術(shù)進展迅速,科學(xué)家可以通過基因同源性比對確定不同病毒株間的親緣關(guān)系和傳播過程,甚至可以通過“分子鐘理論”推算出某種病毒的起源時間。但在溯源方面,這些都無法替代傳統(tǒng)的流行病學(xué)調(diào)查。

在趙國屏看來,對自然來源新病毒的溯源,就像刑警破案。刑警到作案現(xiàn)場,首先收集證據(jù),然后多方調(diào)查,形成各種假說;順藤摸瓜,排除并查找新證據(jù)、新線索,最后找到作案嫌犯。同時,嫌犯供述犯罪過程,并指認作案第一現(xiàn)場及作案工具藏匿地點,與獲得的證據(jù)互相印證。其中任意環(huán)節(jié)出問題都可能沒有結(jié)果。

溯源有難度 大家要有合理預(yù)期

病毒很狡猾,尤其是基因由核糖核酸(RNA)而不是脫氧核糖核酸(DNA)構(gòu)成的病毒,更容易發(fā)生變異,而且變異的程度更高,速度更快。

趙國屏介紹,冠狀病毒就是更為狡猾的RNA病毒。其基因組比較大(是HIV病毒基因組的3倍),也容易出現(xiàn)包括缺失、重組之類大片段的變異;當然,絕大部分變異對于病毒的生長繁殖都是不利的,因此,在病毒復(fù)制的過程中就被自然淘汰了。

趙國屏認為,病毒在跨種傳播過程中,需要積累適應(yīng)新宿主(人類)的那些變異,形成在人群中擴散的“傳播性的克隆”,那就是現(xiàn)在反復(fù)檢測測序的傳播到世界各地的毒株。可是,在這個早期的積累過程中的絕大部分變異,并沒有明顯的對人感染的“表型”,被發(fā)現(xiàn)的幾率自然是很低的;但這正是溯源所需要的“科學(xué)證據(jù)”。

以SARS為例,趙國屏解釋,其暴發(fā)后科學(xué)家就一直在尋找源頭。2005年,科學(xué)家在三種蝙蝠中發(fā)現(xiàn)了SARS樣冠狀病毒,但基因組序列都與SARS冠狀病毒基因組差異過大。直到2015年,在中華菊頭蝠中發(fā)現(xiàn)SARS樣冠狀病毒,與人SARS冠狀病毒基因組序列有96%的相似性,而且其與人細胞受體ACE2結(jié)合的S蛋白氨基酸序列相似性達到97%,才算基本揭示SARS冠狀病毒的天然宿主。

“病毒溯源極其困難,包含了很多不可控因素。有些證據(jù)丟掉了,可能永遠找不到了。很多情況下,把鏈條完全連起來是不可能的。有些是長期研究也未必能搞清楚的,只能形成推論,更多的還是找到節(jié)點證據(jù)。對此,大家要有一個合理的預(yù)期。”趙國屏強調(diào)。付麗麗

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